Jason Dessen'in Karışık Yaşamı
Jason Dessen, Chicago'da mutlu bir evliliği olan, sevgi dolu bir oğlu ve iyi bir işi olan bir fizik öğretmenidir. Karısı Daniella (Jennifer Connelly), akıllı, sanatsal ve güzeldir; oğulları ise araba kullanmayı yeni öğrenen tipik bir gençtir. Ancak, arkadaşı Ryan (Jimmi Simpson) ile dışarıda geçirdiği bir gecenin ardından hayatı altüst olur. Jason, saldırıya uğrar ve gizemli bir depoya götürülür. Maskeli bir adam, Jason'ı uyuşturucu almaya zorlar ve onu, her kapının arkasında hayatının alternatif gerçekliklerinin gizlendiği sonsuz bir çoklu evrenin kapılarına açılan bir kutuya koyar.
Kötü Jason'ın Ortaya Çıkışı
Jason'ın kaçırılmasından sonra, kaçıran adamın farklı bir evrenden gelen Jason'ın ikinci bir kopyası olduğunu keşfederiz. Bu yeni Jason, orijinal Jason'ın hayatına dahil olmaya başlar. Yeni Jason'ın neden orijinal Jason'ın hayatına sızmaya çalıştığı başlangıçta belli değildir. Ancak her bölümde motivasyonu daha da kötüleşir ve Daniella ondan şüphelenmeye başlar.
Orijinal Jason ve Amanda'nın Mücadelesi
Dark Matter'ın ana hikayesi, kayıp hayatına geri dönüş yolunu bulmaya çalışan orijinal Jason ve onun sadık psikolog arkadaşı Amanda Lucas (Alice Braga) etrafında dönüyor. Orijinal Jason ve Amanda, sonsuz koridorda kapı kapı açarak önceki hayatlarına dönmeye çalışırlar. Yeni bir dünyaya her girdiklerinde, neyden yapıldığını henüz bilmediğimiz bir bileşiğin ampulünü kullanarak kendilerine enjekte etmek zorunda kalırlar. Karşılaştıkları ortamların çoğu, misafirperver olmayan veya günümüzün dengeli atmosferinin karanlık ve ölmekte olan bir versiyonudur.
Kötü Jason'ın Planları
Kötü niyetli Jason, kötü niyetli bir güç olduğuna dair işaretler gösterse de, bu Bölüm 6'da doğrulanır. Ryan'ın kendisinin orijinal Jason olduğuna inanmasını sağlar ve onu kutuya alır. Ryan'ı kapıdan uzaklaştırıp gökyüzündeki Kuzey Işıkları harikasına doğru çekecek güzel ve ruhani bir Chicago versiyonu hayal eder. Bu sırada gizlice kapıya dönüp kapıyı kapatarak Ryan'ı alternatif gerçeklikte yalnız bırakır. Bu önemlidir çünkü kötü Jason, Ryan'ı ampullerdeki bileşiğin bileşenlerini alıp bunu toplu olarak üreterek kitlelere boyutlararası seyahati mümkün kılacak bir tehdit olarak görür.
Zaman Daralıyor
Jason ve Amanda, zihnin genişlemesine ve kutunun ve onun sonsuz paralel evrenlerinin orta çarpık varoluşunu kavramasına olanak tanıyan bileşiğin tükenmesine neden olur. Eğer kendi evrenlerini yakın zamanda bulamazlarsa, orijinal Jason sevdiği kadını ve oğlunu kaybedecek ve Amanda da onunla birlikte mahsur kalacaktır. Jason'ın ikinci versiyonunun kendisinin alternatif bir yinelemesini varsayarak neyi başarmaya çalıştığı tam olarak belli değildir. Yine de 6. Bölüm, kendisini ilk Jason'ın hayatına kaptırmak için kesintisiz olmasını sağlamak için ciddi adımlar atmaya hazır olduğunu gösteriyor.